Esta es una pregunta recurrente a la hora de realizar una descripción codicológica, y es normal puesto que la terminología a este respecto es confusa, incluso en el Vocabulario codicológico (1985) se constata esta sinonimia.

En principio, iluminar procede de alluminare o illuminare y significaría “dar el alumbre”, una sustancia de sulfato empleada en la decoración de mss.; no obstante, su confusión semántica con lumen y la idea de “dar luz” se constata desde sus orígenes.

Por su parte, ilustrar se referiría a la representación de escenas u objetos, en oposición a miniar (de ahí miniaturas y manuscritos miniados) que sirve para referirse a todo tipo de elementos ornamentales o decorativos. El vocablo miniare procede de “dar el minio”, pigmento de color rojo. Además, cuando se dice “ilustrar e iluminar” podría referirse a ilustrar con un taco xilográfico de madera y después iluminar con color dicha ilustración; práctica relativamente frecuente.

La realidad es que muchas veces los términos ilustrar, decorar, miniar o iluminar se usan indistintamente como sinónimos, además de algunos otros como ornar u ornamentar. No obstante, la disciplina codicológica necesita de la precisión y el rigor científico a la hora de describir el programa iconográfico de un manuscrito ya que, como vemos, existen pequeños matices.
Bibliografía:
Muzerelle, D. (1985). Vocabulaire codicologique: répertoire méthodique des termes français relatifs aux manuscrits. Éditions CEMI. Véase la versión web: http://vocabulaire.irht.cnrs.fr/
Ostos, P.; Pardo, Mª L. y Rodríguez, E. (1997). Vocabulario de Codicología. Editorial Arco/Libros.
Ruiz, E. (2002). Introducción a la codicología. Fundación Germán Sánchez Ruipérez.